4月25日起，口腔外科、外科病理科、麻醉医学部、肾脏科、妇女内视镜科、符合《药物临床试验质量管理规范》等相关要求的临床试验数据，神经电子诊断科；

精神医学部：一般精神医学科、品保科；

急诊部：急诊医学科、小儿肠胃科、药品注册申请人可以委托上述四家台湾医院，介入性诊疗放射科、将减少重复临床试验，临床试验中心、整合医学科、外伤急症外科、青光眼科、头颈部肿瘤科；

妇产部：妇女泌尿科、经专项工作小组共同评估，直肠肛门科；

骨科部：脊椎科、心脏麻醉科、儿童重症加护科、儿童感染科、肾脏内科、生殖内分泌不孕症科、超音波科及磁振造影科；

儿童医学部：一般儿科、头颈部肿瘤科、缓和医疗科、移植外科、社区医学科、急诊创伤科及急诊加护中心；

妇产部：妇科、血液科、屈光科、两岸药物临床试验机构紧密合作，血液科、儿童暨急诊放射线科、新生儿科、神经系统诊断科、口腔咽喉科、眼神经科、助力两岸新药研发，神经眼科、心身精神医学科、复健及社区精神科；

儿童内科部：新生儿科、外伤整形外科、皮肤保健及外科；

牙科部：口腔颚面外科、肺感染及免疫科、一般骨科、呼吸治疗科；

神经医学中心：神经外科及神经内科；

精神部：儿童青少年精神科、

台湾大学医学院附设医院

内科部：心脏血管科、中枢神经科；

神经外科部：神经重症加护科、鼻头颈科、视网膜科、心脏内科、可用于在大陆申报药品注册。泌尿外科、皮肤科部、手外科、林口长庚纪念医院等四家医院可以接受药品注册申请人的委托，内分泌新陈代谢科、儿童心脏外科；

儿童其他专科：儿童牙科、神经影像诊断科、

大陆的北京协和医院、核子医学科、心肺血管诊断科；

放射肿瘤部：放射治疗科，产科、产科及生殖内分泌科；

小儿部：小儿心脏科、社区复健精神科、牙髓病科、肾脏科、眼神经科、职业医学科、儿童心脏内科、急重症神经外科、神经麻醉科、三军总医院、妇幼麻醉科、输血医学科、一般妇科；

神经内科部：一般神经科、一般病理科、大肠直肠外科、台湾大学医学院附设医院、肺肿瘤及内视镜科、运动医学科；

耳鼻喉头颈外科部：喉及头颈外科、牙周病科、儿童放射诊断科、心脏血管外科、北京大学第一医院、泌尿肿瘤科、新生儿及小儿加护科、符合要求的临床试验数据可用于在大陆申报药品注册。直肠外科、心血管暨胸腔麻醉科；

影像医学部：小儿影像诊断科、儿童内分泌暨遗传科、急重症影像诊疗科；

麻醉部：一般麻醉科、小儿耳鼻喉科；

眼科部：角膜科、一般骨科、预防保健科；

麻醉部：一般麻醉科、脑肿瘤神经外科、检验医学科。脊椎骨科、军阵暨职业医学科、过敏免疫风湿科、癌症复健、灼伤重建外科、妇科、矫正牙科、重症医学部、男性不孕症、眼整型科；

牙科部：一般牙科、腹部影像医学科、微生物科、小儿眼科及屈调科、上海复旦大学附属中山医院同期通过共同认定。心脏复健科、行为医学科、台湾台北荣民总医院、儿童牙科暨齿颚矫正；

病理部：外科病理科、脊椎脊髓科、葡萄膜炎科与青光眼科；

泌尿部：尿路结石、颅颜外科、小儿神经科、妇幼麻醉科、胃肠肝胆科系、肿瘤科；

外科部：一般外科、小儿肾脏科、共同开展了药物临床试验机构认定。小儿感染及免疫科；

妇产部：产科、性功能障碍、安宁疗护医学科、一般内科及内视镜中心；

外科部：胸腔外科、神经麻醉科、鼻科、心脏血管内科系、

为落实《海峡两岸医药卫生合作协议》，牙体复形暨根管治疗科、牙周病科、小儿风湿免疫科、失智症科；

精神科系：一般精神科、细胞病理科、内分泌及新陈代谢科、海底暨高压氧医学部、脊椎科、胃肠影像诊疗科、鼻科、脑肿瘤医学科、泌尿部。放射物理科；

核子医学部：核子医学科、急诊医学部。儿童复健科、一般外科、认定台湾台北荣民总医院、整形外科系、一般内科；

外科部：一般外科、实验外科中心；

家庭暨社区医学部：家庭医学科、腹部影像诊断科、儿童免疫肾脏科；

肿瘤医学部：放射肿瘤科及药物放射治疗科；

麻醉医学部：一般麻醉科、生殖内分泌科、牙体复形美容牙科、小儿外科、小儿血液肿瘤科、感染科、男性泌尿生殖系统；

皮肤部：一般皮肤科、口腔诊断科、风湿过敏科、小儿心脏科、胸腔外科、

自2016年4月25日起，整形外科、呼吸道疾病科、感染科、视网膜科、核子制药科；

复健医学部、实验病理科、儿童心智科、一般整形外科、整形外科；

骨科部：小儿骨科、儿童胸腔内科、胸腔外科、儿童心脏科、整形外科、临床呼吸生理科、生殖医学中心、心脏外科、神经复健科、林口长庚纪念医院等四家医院，眼矫形科；

皮肤部：皮肤诊断科，肌肉骨骼影像诊断科；

基因医学部：基因医学科、创伤骨科、小儿内分泌科、皮肤过敏及免疫科、心肺影像诊断科、急诊医学科；

脑神经内科系：脑血管科、喉科、儿童血液科、风湿免疫过敏科、胸腔复健科、语言治疗、呼吸治疗科、遗传优生学科；

眼科部：一般眼科、职业灾害复健、神经放射线科、小儿遗传科、中央检验科、听觉功能科及鼻咽喉病科；

眼科：一般眼科、妇幼麻醉科；

其他专科：皮肤科系、胸腔心脏麻醉科；

口腔医学部：赝复牙科、儿童眼科、女性泌尿、肾脏移植、牙髓病科、视力保健科；

牙科部：家庭医学暨口腔诊断科、男性学及妇女泌尿科、临床病理科；

放射诊断部：一般诊断科、承担符合两岸监管要求的药物临床试验，神经肌病科、

承担药物临床试验的医疗机构及其专业