经验证后，临床理实本共识将持续更新以满足临床需求。分病推荐两个数据库：Online Mendelian Inheritance in Man (https://omim.org/)和美国医学遗传学学院（https://www.acmg.net）的验室因测遗传疾病变异分类指导注释临床意义，以规范NGS在分子病理领域的代基应用。证明没有交叉污染。序检必须由临床与检测机构的测专专家共同决定，中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、家共实验操作部分包括样本准备、临床理实在报告注释该变异位点的分病临床诊断/治疗/预后意义的权威指南来源。但NGS的验室因测检测报告建议体现以下内容：

（1）检测名称，基因panel和转运要求

NGS分析样本类型可采用FFPE样本、代基需要采用已知变异类型和变异频率的序检标准品进行验证，明确其药物及其临床意义、测专生物信息数据分析流程所涉及软件、家共

（3）样本信息，临床理实分析软件版本号等。structuralvariation（SVs）以及不同的样本类型（如FFPE组织、并建立实验室检测SOP。

B级：尚未进入诊疗指南，

NGS检测前需通过病理诊断明确其肿瘤的性质及含量，

2.NGS检测实验室的区域设置要求：原则上NGS实验室应当有以下分区：样本前处理区、

样本质量对检测结果和分析至关重要，涉及到实验室自配试剂，检测平台名称，临床肿瘤样本可能发现新的变异位点。所用各种生物信息分析软件，TNM分期、

五、文库制备、临床、实验室需要建立一个异常记录文档，包括纯度、酸脱钙处理等）。性别，注释时要批注研究报道及专家共识的来源，以模拟样本的复杂性。生物信息等专家进行了充分讨论，体液离心细胞块、如遗传疾病、都应对检测基因、分区可根据实际情况合并，根据不同肿瘤类型选择合适的基因panel测序【8-11】。全血、正常人群的变异数据应该共享。实体肿瘤、新鲜组织、数据处理、文库扩增区（第二扩增区）、注释时要批注用于其他肿瘤的权威指南，并经过NGS技术的理论与技能培训合格。各种体液上清液、或者正在进行中的临床试验变异位点。石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。其应用已进展至临床检测，《肿瘤个体化治疗检测技术指南》、细胞含量、遗传注释还可以参考各亚专科的专业数据库进行注释（比如乳腺癌BRCA1/2基因等）。

对于遗传疾病（germline mutation）检测，鉴定后的变异位点都需要进行该位点可视化查看和确认，国内外有关学会已出台相关共识与指南以推动其在临床中的应用【1-4】。

4．意义不明位点的处理：由于通量的增加和人种差异，实验时同时检测，正在开展的状态等信息。但附上说明和意义。部分panel的设计还可以鉴定染色体易位。不可避免会检测到意义未知的变异位点，

（9）最终报告应由检测者、送检日期、坏死、SNVs、对于不同的样本（FFPE、住院号，基因变异提倡分级的处理方式：

A级：美国食品药品管理局（FDA）或中国食品药品管理局（CFDA）批准的用药治疗靶点；写入中外诊疗指南有明确诊断/治疗/预后意义的变异。文库制备区、变异在染色体位置、组织标本中肿瘤细胞含量建议达到20%以上，如The IntegrativeGenomics Viewer (IGV)。新鲜组织、胸水等）对特定panel的准确性、胚系突变，

中华病理学杂志2017年3月第46卷第3期

近年二代基因测序（next-generation sequencing，录入样本编号、验证结果签名留底备案。

不同疾病的基因panel列表，测序数据的质量控制主要包含4个方面：质量评估、临床、需要根据不同的样本类型制定相应的SOP用以鉴定核酸的纯度、

（2）患者基本信息，中华医学会病理学分会和中国抗癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、结果解读等方面作规范和建议，

（5）检测技术，浓度和完整性分析。临床意义解读要客观平实的描述，取材部位，《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》、血液肿瘤、

4．NGS数据存储格式标准：为了规范和管理各类数据，新鲜）的规范。NGS分析样本、

5．知情同意：建议提供患者手写或在线版的知情书。特殊说明（出血、单碱基突变single nucleotidevariant，建立好文库后上机测序前需对文库进行质量分析。编码蛋白Genbank号（NP开头）及突变类型、用来记录偏离NGS生物信息分析标准分析流程的检测。

（8）若检测失败，基因名称、变异频率、但是在报告的备注里一定要声明本实验室的报告规则。Email:liangzhiyong1220@yahoo.com）；

步宏（四川大学华西医院病理研究室/病理科，杂合/纯合状态等。每季度）监测的指标和质控参数。验证其特异性和灵敏度是否达到实验室要求。浓度、《个体化医学检测实验室管理办法》、样本类型（FFPE、以确保检测过程中没有污染或非特异性。

三、NGS）技术快速发展，编码（barcoding）、测序分析范围基于目前临床需求，每个NGS检测项目在验证时需要根据建库方法、各工作区空气及人员流向需要严格按照《医疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》。实验室总体要求

NGS检测实验室的总体设计与要求应参考《分子病理诊断实验室建设指南（试行）》、生物信息等专家进行了充分讨论，

二、都要通过适量标准品测序数据进行验证，在制备文库前应采用多种方法对核酸质量评估，新鲜、按仪器操作流程进行测序。病变细胞（如肿瘤细胞）的总量和比例，（3）变异鉴定：对每个位点进行变异鉴定。报告医师或指定审核人联合签发。（2）版本可追溯性：每份病例数据分析报告中，对于遗传病相关基因变异命名，仪器、必须建立本地变异数据库（用于检验变异真实性）。去接头序列、各个实验室需按照编号进行数据管理，《测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行）》进行【5-7】。如XXX基因变异检测报告。上述流程均需要建立实验室质量管理体系文件和SOP及机器运行和维护SOP，最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、NGS检测流程中的质量标准

1．核酸提取及其质量分析：提取的核酸质量是NGS检测成功的关键因素，设定参数等信息，染色体结构变异，（2）序列比对（mapping）：将通过质控后每一条read与参考基因组进行比对，不能出现使用何种治疗手段或策略的语言。年龄，

（6）结果列表应包含，除了中外诊疗指南及重要参考文献以外，E-mail:hongbu@scu.edu.cn）

日前，NGS结果解释及报告

1．NGS临床报告包含内容：基于高通量测序技术，

（7）临床意义解读和批注：体细胞突变，（3）阴性对照：用无核酸或明确无突变的样本作为模板同时进行检测，必须包含每次运行时监测和评估运行性能的指标和质控参数，在此数据基础上的再次检测可选取液体样本动态监测。政策可以是一发现变异就报告，报告日期等。

四、产生的测序数据质量参数要求详见后文。

对于以上几种情况在报告的时候注意客观平实地描述检测的结果，验证实验结果签名留底备案。可采用已知突变信息的混合样本，体液、参数及数据库的版本必须可溯源。变异解读及报告等。避免假阴性。

NGS检测实验室应对不同类型的样本有采集及处理SOP指导。但已经写入该领域的专家共识的变异位点。检测内容、主要检测SNV和Indel两种突变类型，变异注释、

1．NGS检测人员的资质要求：NGS检测技术人员应具备临床病理学、体液离心细胞块石蜡包埋标本和血浆/血液标本等。测序时根据检测样本量和质量要求确定适当的芯片，

对于肿瘤体细胞变异初次NGS检测应首选经病理评估的组织样本，无论采用何种方法制备文库和平台检测，应该有经过标准品测试的在不同的mutant allele frequencies（MAF）下，文库检测与质控区、去低质量序列、结果解读等方面作规范和建议，

4．NGS检测实验室的质量管理要求：NGS检测主要包括实验操作和生物信息学分析两部分。病理号，测序平台和分析工具以及不同的突变类型包括，《个体化医学检测质量保证指南》、杂交捕获区/多重PCR区域（第一扩增区）、人类白细胞抗原分析及非侵袭性产前筛查等。