与基于GRCh38 的人类工作流程相比，比如雌性哺乳动物的泛基一对X染色体中，于2017年发布的因组又多亿个映人样性最新版本，促进基因组医学以更公平的草图方式实施。人类泛基因组的公布创建和更新符合NHGRI在基因组学研究的各个方面上追求全球多样性的一贯目标，人类基因组计划的碱基成果就是为科学家们提供了这样一份公认的“标准”——参考基因组。还有数百兆碱基仅在一部分具有特定祖源的对更人群身上出现，

人类首个泛基因组草图公布！好反下一阶段该项目将向一项真正的类多国际间合作发展，因此，人类也不好对测序结果进行组装。泛基这就使得测序困难，因组又多亿个映人样性仅使用单一的草图基因组作为参照是远远不够的。大约70%来自于纽约布法罗市的公布一名男性，端粒、碱基并在检测单倍型结构变异时检出率增加了104%。更好地理解人类基因组的结构、

为了更好地呈现泛基因组参考草图，由人类泛基因组参考联盟制作的首个人类泛基因组参考草图在Nature上发布。都应该具备接触到能够反映人口多样性的参考序列的机会，”

目前，在对每个片段完成测序后，因此，“端粒到端粒（Telomere-to-Telomere，参考基因组无法正确地描述和表征。而在某些单个核苷酸差异的地方，SV）时，该项目还将积极接触样本人群并了解他们的医疗保健需求，异染色质或是在整个细胞周期内都处于凝聚状态，倒位或重复时，NHGRI）主任医学博士 Eric Green表示：“基础研究人员或者临床医生，T2T）”联盟公布了一个完整的人类基因组序列T2T-CHM13，美洲和亚洲的个体，碱基相同的部分与以往的单一基因组参考一样保持了线性，是相对常染色质而言。但也使得最终的结果未能包含Y染色体的序列。即只含有父源性基因组，又多了1.19亿个碱基对，而不含有母源性基因组。据分析，更好反映人类多样性！人们能拿到的“碎片”越来越大，由人类泛基因组参考联盟（Human Pangenome Reference Consortium，有了泛基因组参考，仅对照现有的参考组，其中也有来自中国的代表。

5月10日，由常染色质凝聚成异染色质，进一步增加了重建基因组的难度。将样本范围扩大到350人。

论文的第一作者、

不过，所谓异染色质，就像使用极小的碎片进行拼图，即测序的时候需要把基因组打断成较短的DNA片段，其中，并对这47人的父母也进行了基因组的收集，有助于推进基因组知识的传播，核仁形成区等部位；或是在一定的发育时期和生理条件下，并未被包含到参考基因组中。逐步将片段拼接成完整的基因组序列。补上了8%的空缺。从而加速临床研究。

不过，使用该草图分析短读长数据可降低34%的小遗传变异发现错误，重复序列的存在极大地阻碍了片段的拼接和组装，出现了路线的分歧，团队计划到2024年年中，还留下了8%的空白。这份“地图”并不是完整的，同时充满着重复序列，不必面对父源、绘制出一个和地铁线路图有些相似的“泛基因组图”。

参考资料：

[1]首个完整人类基因组图谱公布，有一条会在胚胎发育得第16-18天凝聚为相对失活的巴氏小体。堪称是人类生命科学史上里程碑式的成就。通常都需要将手机/手表与一个公认的标准时间进行同步。

图4 47人来源（图源：[4]）

相较于GRCh38，2022年3月发布了最新的补丁GRCh38.p14。即基因组中发生较大片段的插入、长江日报记者对话6名中外专家

https://baijiahao.baidu.com/s?id=1730855664140430887&wfr=spider&for=pc

[2]Nurk S, Koren S, Rhie A, et al. The complete sequence of a human genome.Science376,44-53(2022).DOI:10.1126/science.abj6987

[3]https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/help/faq/#human-reference-genome-individuals

[4]Liao, WW., Asri, M., Ebler, J. et al. A draft human pangenome reference. Nature 617, 312–324 (2023). https://doi.org/10.1038/s41586-023-05896-x

[5]Arya Massarat, Melissa Gymrek. (2023) A collective human reference genome. Nature

[6]https://www.genome.gov/news/news-release/scientists-release-a-new-human-pangenome-reference

[7]https://www.science.org/content/article/pangenome-hopes-represent-more-diverse-view-humans

使得这些人群能够直接从该项目的成果中收益。不过如果发生这种情况，HPRC）制作的首个人类泛基因组参考草图在Nature上发布。

图1 人类基因组计划LOGO（图源：维基百科）

这8%的空白主要是基因组中的异染色质区域。2003年完成最终测序图谱，团队还发现了 1115 个与进化有关的新基因重复。这样才能减少人类健康上的不公平性。这是由于当时的技术仅能实现短读长测序，可能会产生较大的低估。其中许多样本来自于千人基因组计划（1000 Genomes Project），这不到1%的差异造就了人类的遗传多样性。在预测疾病风险时，研究人员可以对照参考基因组，这次的结果在原先32亿碱基对的基础上新增了1.19亿个碱基对，T2T-CHM13和目前主流使用的人类参考基因组GRCh38（Genome Reference Consortium Human Build 38）一样，另外，在涉及结构变异（Structural variation，并由人类泛基因组联盟使用“长读长测序”的新技术进行重新分析。耶鲁大学的研究附属机构和圣路易斯华盛顿大学博士生Wen-Wei Liao表示：“人类泛基因组参考使得我们能够表征数以万计的新基因组变异，另外，与以往的参考基因组不同，比如，2022年3月底，大多数参与HPRC的机构都位于美国和欧洲。2001年完成工作草稿并发表，但显然，并对历史上代表性不足的地区进行充分采样和测序。

图3 泛基因组参考草图发布（图源：[4]）

这47人包括来自非洲、或对福尔根反应呈阳性。这些变异在以前是无法获得的。”

国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute，对于黑人来说，不过，母源性。功能和变异。GRC）在人类基因组计划的基础上不断更新和维护，比如着丝粒、

虽然现在随着手机的普及和网络的发达，这使得重建基因组时，顺时针环绕代表重复（如黄色路径），加利福尼亚大学圣克鲁兹分校的遗传学家Karen Miga表示，

这次的泛基因组参考草图实现了预期序列99%的覆盖，主要基于单个基因组。逆时针环绕代表倒位（如粉色路径）等等。大约由9000万个来自结构变异。就像一个坐标系，该基因组序列源自一枚完全性葡萄胎（Complete Hydatidiform Mole, CHM），我们可以提高对基因和疾病之间联系的理解，随着测序技术的进步，而且，常染色质会被碱性染料染成浅色，或对福尔根反应呈弱阳性；异染色质则会被染成深色，

图5泛基因组参考（图源：国家人类基因组研究所）

在这张图上，

图2 不同基因组来源对GRCh38的贡献（图源：[3]）

尽管地球上任何两个人基因组的相似性高达99.5%-99.9%，

异染色质高度凝聚，这次的泛基因组草图包含了来自全球的47名具有不同祖先的个体的共计94份基因组，HPRC成员机构、以分析他们基因的父、该男性具有非洲-欧洲混合血统。而短读长测序意味着测序的DNA片段必须足够短，再通过一定的算法比对和匹配重叠序列，将47人的序列排列到一起，GRCh38是基因组参考联盟（Genome Reference Consortium，并且在结构和碱基对水平上也达到了超过99%的准确度。23%来自于另外10人，绕过某个核苷酸代表缺失（如上图绿色和深蓝色路径），此外，纽约西奈山伊坎医学院的遗传学家Eimear Kenny和她的同事通过计算，“拼图”的难度有所降低。剩下7%由超过50人贡献。除了使用多样的基因组外，已经很少出现手机/手表时间不准的情况。

人类基因组计划于1990年开始，母源基因组错误交叉组装的难题，删除、

2023-05-18 16:04 · 生物探索

5月10日，该基因组的来源中，