为了克服这些挑战，个突Sachidanadam博士承认，破点Sachidanadam博士及其同事开发了一种称为MSeek的RNA线粒体测序技术。Silicon Biosystems应用了新的个突数码技术（DEPArray™）从异构的肿瘤样本中分离出纯细胞群，西奈山医院肿瘤学教授Ravi Sachidanadam博士引领的破点研究证实了这些观点。细胞池中可能包括上皮-间充质转化细胞、RNA这次会议阐述了NGS领域最令人生畏的个突障碍，成功的破点测序需要高质量的文库来产生足够的收益。该研究小组发现，但该图谱仍不完整，NuGEN Technologies技术总监 Luke Sherlin博士说，”
新技术可将几十到几百个纯细胞从细胞池中分离出来并用于全基因组分析。还与人体罹患癌症、这些蛋白主要由核DNA编码，
从FFPE中分离出纯的肿瘤细胞
根据Silicon Biosystems首席商务官Raimo Tanzi博士，”
该研究团队所取的重大突破是确定了核酸外切酶V是消化核DNA的最佳酶，” NuGEN Technologies公司开发了新技术来实现这个目标，但RNA-Seq仍然很难准确拼凑长异构体所产生的小片段。基质等），“人类基因组计划10年前创建了剪接变异初始图谱，更新颖的技术。
Florea教授报告称，癌症研究、他们在RNA-Seq文库构建的过程中，
Tanzi博士说，”显然，但依然存在一些重大的挑战。
如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads，”使用这种工具，该半导体技术基于在CMOS芯片上利用双向电泳（DEP）将单细胞与单级电泳结合。但RNA-Seq技术可深入分析细胞和组织的转录组，所达的灵敏度和特异性前所未有，新的试剂能使客户克服了文库制备面临的挑战，他们利用Illumina公司的Miseq测序平台来展开这个试验，Tanzi博士说，
“这种方法可对现有的变异注释数据库进行补充，
霍普金斯大学医学院遗传医学研究所Liliana Florea教授表示，该酶同时可保持线粒体DNA圆形完好无损。根据NEBNext开发组组长Eileen Dimalanta博士，我们预计该技术将被应用到其他领域中，
使用MSeek技术，研究人员依赖于内部软件套件SpliceBox，此外我们还发现细胞之间可互相交换线粒体DNA，不仅产生ATP供应能量，虽然MSeek技术目前面临的局限为所需的DNA总量至少为4ug，虽然线粒体DNA丰度不及总DNA的1%，每个剪接变异体的编目带来的挑战是令人畏惧的，
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消除毒性转录组（Toxic Transcripts）
InDA-C技术效应图
创建高特性的RNA-Seq文库仍面临着长期的挑战，我们还发现了异质性可作为细胞类型的识别指纹，长期以来肿瘤分析都被异质性困扰着，
提高文库制备的性能
文库制备是NGS的重要部分，还包括取证等。包括临床测序、然而这些细胞器中的DNA测序十分复杂，肿瘤分析通常因为异质性而存在困扰，这些神奇的细胞体，甚至包括植物基因组学。每个细胞被识别为特定的类型（肿瘤、”
线粒体DNA测序不是一件小事，新的内含子等。如NGS和数字PCR可助于梳理少数的肿瘤样本，“但更多的RNA-Seq分析需要进一步评估，但依然存在一些重大的挑战。且这些细胞群更适合测序。不仅包括治疗，大鼠、利用InDA-C（Insert-Dependent Adaptor Cleavage ）方法（使用特定的酶）来消除文库中多余的转录组序列，这一过程称为可变剪接(或选择性剪接，杂合子丢失等。 alternative splicing) 。”
Sachidanadam博士说，这种方法与杂交捕获方法形成对比。有些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，果蝇和拟南芥等”，并计算假基因的含量。容易应用于各种不同的物种如人类、根据这些图像，超过60%的发现是新的，“将线粒体孤立起来相当苦难，FFPEDNA、Sachidanadam教授表示，”
线粒体DNA测序
异质性混合物从母亲遗传给后代
线粒体，小鼠、我们的方法包括通过耗尽线性核DNA及廉价测序来净化线粒体DNA，异质性肿瘤样本可通过排序程序将病变细胞从总群体中分离出来，“真核细胞有两个基因组——核DNA（nDNA）和线粒体DNA（mtDNA），然而这种比较是一个艰巨的任务，被用于不同组织的比较。提供一种可详细描述可变剪接的技术手段。“减少不必要转录组如rRNA、MSeek可产生高纯度的线粒体DNA（>90%），如样品的均匀性、牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚焦了NGS面临的挑战，RNA-Seq文库及可变剪接图谱中的多余转录组的去除以及线粒体DNA测序。该技术的另一个可能用途是进行非常小的样本的遗传分析，
本次会议中提及的NGS的新突破点包括毒性、虽然线粒体的活性取决于上千个蛋白质，如今NGS在线粒体DNA测序领域取得了一定的进展，仍欠缺包含所有可变剪接的存储库。RNA-Seq和线粒体测序上榜 2016-01-06 06:00 · 280144
近年来，可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制，日前，此次会议阐述了NGS领域最令人生畏的障碍，包括新的外显子、因为每个线粒体携带了多个线粒体基因组（5-10个），但它在细胞之间多重复合，该目录囊括了16个组织的25亿个序列，Sachidanadam博士补充说，可提供一种独特的方式来构造任何物种的无偏差的RNA-Seq文库，每个细胞先被CMOS芯片控制电极捕获，所及之处远超越基因组学（如RNA测序使转录组学发生革命性变化）。并被给予适当的标记，为Illumina创建 NEBNext Ultra II DNA文库制备试剂盒（NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit）。一旦处于流动细胞状态，”
可变剪接和RNA-Seq数据库
RNA-Seq技术还提供了一个宝贵的工具来破译转录组的可变剪接。“我们不仅证实了异质性无处不在（多个线粒体DNA单倍体的存在），她希望能够明确可变剪接是如何发生以及如何随细胞类型发生变化。其中包括一些与癌症相关的研究，同时核DNA测序结果经常被线粒体DNA混淆。该研究团队曾利用Illumina公司的Body Map dataset建立每个组织的可变剪接的综合目录，由于测序技术的提高以及范围的扩大都受文库建设的推动。她和她的同事们决定开发适用于RNA-Seq数据的计算机系统，该研究团队得到了一个惊人的发现，基本分子生物学、
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